Az MVA az Európai Unió PHARE programja részeként 1992 óta működtet mikrohitel programot. Ezen időtartam alatt több mint 15 ezer vállalkozás indulását, fejlődését tudtuk támogatni. A program az ún. „nem bankképes” kezdő- és mikrovállakozások finanszírozását célozza visszatérítendő, kedvezményes támogatás formájában. A program forrását a 2000-ben a Magyar Állam, az EU Bizottság, valamint az MVA által létrehozott visszaforgó jellegű Országos Mikrohitel Alap képezi. Az MVA – a Gazdasági Minisztérium felügyelete mellett – a programot folyamatosan, a vállalkozói igények és program teherbíró képességének figyelembevételével karban tartja. A támogatás a megyei vállalkozásfejlesztési alapítványokon keresztül érhető el.
A Magyar Vállalkozásfejlesztési Alapítvány 2019 óta működik együtt a romániai LAM IFN SA szakosított pénzintézettel, amelynek ügyfélkörében nagyrészt mezőgazdasági mikro- és kisvállalkozók vannak. Az együttműködés alkalmas arra, hogy mindkét fél tapasztalatokat, és új ismereteket szerezzen, amelyek által a saját tevékenységét fejlesztheti. Az MVA a LAM számára a szakmai támogatás mellett anyagi támogatást is nyújt, melynek eredményeként a pénzintézet több mint ezer kisvállalkozás finanszírozására képes.